Valstybės kontrolės nuomone, savivaldybės gali neįgyvendinti Valstybiniame strateginiame atliekų tvarkymo plane nustatytų komunalinių atliekų tvarkymo užduočių ir šiais metais atlikto valstybinio audito rekomendacijų. Valstybės kontrolierė Rasa Budbergytė paragino Vyriausybės atstovus apskrityse reikliau prižiūrėti, kaip savivaldybės organizuoja komunalinių atliekų tvarkymą. Ji priminė, kad Valstybiniame strateginiame atliekų tvarkymo plane reikalaujama jau ateinančiais metais buitines atliekas surinkti iš ne mažiau kaip 95 proc. gyventojų, tačiau savivaldybės šį terminą siekia nukelti į tolimesnę ateitį. Neįgyvendinus Europos Sąjungos užduočių, jos institucijos Lietuvai gali taikyti sankcijas.
Valstybės kontrolė, šiais metais atlikusi valstybinį auditą Aplinkos ministerijoje ir Vilniaus miesto, Vilniaus, Širvintų, Anykščių, Skuodo rajonų savivaldybių administracijose, nustatė, kad šios savivaldybės laiku neįgyvendina komunalinių atliekų tvarkymo užduočių.
Reaguodamos į auditorių rekomendacijas savivaldybės parengė jų įgyvendinimo priemonių planus, tačiau juose numatytos datos rodo, jog Valstybiniame strateginiame atliekų tvarkymo plane nustatytos kai kurių komunalinių atliekų tvarkymo užduotys vis tiek liks neįgyvendintos.
Pavyzdžiui, Skuodo rajono savivaldybė įrengti reikiamą skaičių konteinerių aikštelių ir įsigyti antrinių žaliavų konteinerius planuoja tik iki 2012 m., Vilniaus rajono savivaldybė šiais konteineriais gyventojus aprūpins iki 2009 m. balandžio 1 d., Širvintų ir Anykščių rajonų savivaldybės užduotį planuoja įvykdyti iki 2010 m. sausio 1 d.
Daugelyje rajonų savivaldybių konteinerių aikštelių antrinėms žaliavoms surinkti trūksta daugiabučių, individualių namų kvartaluose, sodų, garažų bendrijose.
Vilniaus, Širvintų ir Skuodo rajonų savivaldybės laiku neįgyvendina ir kitos užduoties – iki 2007 m. sausio 1 d. užtikrinti, kad būtų įrengta ne mažiau kaip viena didelio gabarito atliekų surinkimo aikštelė 100 000 gyventojų, o iki 2009 m. – kad būtų įrengta ne mažiau kaip viena didelių gabaritų atliekų surinkimo aikštelė 50 000 gyventojų, tačiau ne mažiau kaip viena tokia aikštelė savivaldybės teritorijoje.